Proteinprofilering

Proteinprofilering är processen att mäta och kartlägga proteiner i ett biologiskt prov för att erhå proteinnivåer, posttranslationella modifieringar och protein-protein-interaktioner. Syftet är att skapa en detaljerad proteomprofil som kan stödja grundforskning, biomarkerupptäckt och klinisk diagnostik.

Metoderna inom proteinprofilering inkluderar masspektrometri-baserad proteomik, där data-dependent acquisition (DDA) eller data-independent acquisition (DIA) används för att identifiera och kvantifiera proteiner; ofta med etikettering som TMT eller iTRAQ, eller label-free kvantifiering. Targeted proteomics som SRM/MRM och PRM möjliggör högkänslig kvantifiering av ett begränsat antal proteiner.

Immunoassaybaserade tekniker används också för profilering, inklusive ELISA och multiplex immunoassays (till exempel Luminex), samt proteinmikroarrayer som kan mäta många proteiner samtidigt. Andra tekniker inkluderar aptamerbaserade plattformar och metoder för kartläggning av protein-protein-interaktioner.

Prover kan vara celler, vävnad eller kroppsvätskor som plasma, serum, cerebrospinalvätska eller urin. Dataanalys innefattar kvalitativ och kvantitativ tolkning, normalisering och hantering av batcheffekter samt biologisk tolkning. Utmaningar inkluderar stor datamängd, bred dynamik och variation i proteiner samt analyser av posttranslationella modifieringar.

Användningar inkluderar biomarkörsidentifiering, kartläggning av signalvägar, utveckling av diagnostiska tester och stöd för läkemedelsutveckling. Proteomik kopplas ofta till genomik och metabolomik i systembiologi.

Reproducerbarhet och kvalitet styrs av standarder som MIAPE och riktlinjer inom proteomikgemenskapen. Data delas ofta i tillgängliga format för jämförbarhet. Framtiden präglas av ökad genomströmning, bättre känslighet och integrering med andra omik-plattformar samt utveckling av klinisk tillämpning.