Mikrobilajeille

Mikrobilajeille on termi, jolla viitataan mikro-organismien lajiluokkaan. Mikrobilajit kattavat bakteerit, arkeonit, sienet sekä alkueläimet ja tuma-virukset, vaikka lajien määritelmä vaihtelee ryhmän mukaan. Nykykäsitykset yhdistävät fenotyyppiset ominaisuudet ja genetiikan.

Määritelmä on haastava. Bakteerien ja arkeonien lajijaossa käytetään yleensä geneettisiä kriteerejä, kuten 16S rRNA -sekvenssien samankaltaisuutta tai koko genomin vertailua (average nucleotide identity, ANI). Yleisesti lajirajaksi pidetään noin 95–96 % ANI:tä, mutta käytännöt vaihtelevat.

Tunnistus ja tutkimus: Mikrobilajeja voidaan tunnistaa sekä kultivoitujen että kultivoitumattomien näytteiden perusteella. Fenotyyppinen erottelu on vähemmän luotettava, ja nykyisin keskeisiä ovat DNA-pohjaiset menetelmät: 16S/ITS-sekvensointi, koko genomin sekvensointi, metagenomiikka ja MALDI-TOF -massaspektrianalyysi. Näin erotetaan lajit ja kartoitellaan niiden esiintymistä.

Merkitys ja haasteet: Mikrobilajit ovat keskeisiä ekosysteemeissä ja vaikuttavat kiertoon, ravinteisiin sekä ympäristönmuokkauksiin. Ihmisen elämä ja teollisuus hyödyntävät mikrobilajeja terveyden ylläpidossa, ruoantuotannossa ja bioteknologiassa. Haasteita ovat kultivoitavuus, lajirajojen epävarmuus sekä horisontaalinen geeninsiirto. Metagenominen sekä single-cell sekvensointi parantavat kuvaa mikrobin monimuotoisuudesta.