Celltypsammansättning

Celltypsammansättning är ett begrepp inom biologi och biomedicin som beskriver hur stor andel av olika celltyper som finns i ett vävnadsmål, organ eller prov. Den ger insikt i vävnadens funktion, utveckling och patologiska tillstånd, och påverkar hur molekylära signaler tolkas samt hur behandlingar kan utformas.

Mätmetoder

Traditionellt används flödescytometri eller masscytometri för att kvantifiera kända celltyper baserat på flerdubbelmarkörer. Med framväxten av single-cell sekvensering kan man identifiera och namnge celltyper utan förhandsantaganden och därigenom uppskatta sammansättningen inom ett prov. Vid bulk-omik används dekonvolutionstekniker (till exempel referensbaserade metoder) för att uppskatta celltypsandelen utifrån vävnadens genexpression. Spatiala tekniker som spatial transcriptomics ger dessutom platsbaserad information och därmed kontext till celltypernas läge i vävnaden.

Tillämpningar

Sammansättningen används i studier av cancer och tumörens mikromiljö, neurodegenerativa sjukdomar, immunrespons, utveckling och åldrande. Förändringar i proportionerna kan spegla inflammation, cellförlust eller rekrytering av immunceller och därmed påverka diagnos och behandling.

Utmaningar

Definition av celltyper är ofta subjektiv och beroende av referensatlas. Skillnader mellan plattformar, batcheffekter, interindividuell variation och artkunskap kan påverka resultaten. Det krävs robust standardisering och validering.

Resurser och framtid

Forskningen stöds av cellatlas och öppna referensdata samt verktyg för dekonvolution och celltypsannotering. Framtiden för celltypsammansättning inkluderar integration av multi-omik och rumsliga data för att få en helhetlig bild av vävnadens komplexitet.