sekwecjonowanie

Sekwecjonowanie to proces ustalania kolejności elementów tworzących sekwencję. W biolodzy i bioinformatyce chodzi najczęściej o kolejność nukleotydów w DNA lub RNA, co umożliwia odtworzenie genomu, transkryptomu lub innych sekwencji. W polskim języku termin ten bywa traktowany zamiennie z sekwencjonowaniem; standardowa forma to jednak sekwencjonowanie.

Historia sekwecjonowania zaczęła się od sekwencjonowania Sangerowskiego w latach 70. XX wieku. Przełomową zmianą był rozwój sekwencjonowania wysokoprzepływowego (NGS) w latach 2000., który pozwolił na szybkie i tanie odczyty całych genomów, przekładając się na rewolucję w genomice.

Najważniejsze techniki to sekwencjonowanie Sangerowskie oraz NGS na krótkich odczytach (Illumina, Ion Torrent) i sekwencjonowanie trzeciej generacji (PacBio SMRT, Oxford Nanopore) z długimi odczytami. Sekwecjonowanie DNA wykorzystuje się w genomice; RNA-Seq służy do analizy ekspresji genów. Zastosowania obejmują sekwencjonowanie całogenomowe, re-sekwencjonowanie populacyjne, metagenomikę i badania transkryptomu.

Analiza danych obejmuje base calling, ocenę jakości, dopasowanie do referencji, składanie genomów i identyfikację wariantów. Praca na danych wymaga formatów FASTQ, BAM/CRAM i VCF oraz narzędzi takich jak BWA, GATK, SPAdes. Sekwecjonowanie generuje duże zbiory danych i często wymaga przechowywania w repozytoriach publicznych (GenBank, ENA).

Zastosowania obejmują medycynę spersonalizowaną, diagnostykę chorób, badania ewolucji i rolnictwo. Wraz z nimi pojawiają się kwestie etyczne i prawne dotyczące prywatności danych genetycznych oraz wyzwania związane z kosztami i standaryzacją.