sekvensointimenetelmä

Sekvensointimenetelmä tarkoittaa tutkimusmenetelmää, jolla määritetään DNA:n tai RNA:n emäkset peräkkäin. Menetelmät voidaan jakaa perinteisiin, yksittäisiä nucleotideja lukeviin menetelmiin sekä moderneihin, massiivisen parallelisuuden hyödyntäviin sekvensointitekniikoihin. Yleisesti ne vaihtelevat luennan pituudessa, läpimenoaikataulussa, kustannuksissa ja datan käsittelyvaatimuksissa.

Historian merkittävin perinteinen menetelmä on Sangerin sekvensointi, joka perustuu dideoksinukleotidien aiheuttamaan polymeraasiketjun päättymiseen ja erillisten fragmenttien pituuksien erotteluun elektroforeesilla. Tämä menetelmä on luotettava ja tarkka, mutta matalan kapasiteetin ja korkean työmäärän vuoksi se on suurimmaksi osaksi korvautunut suurimuotoisemmilla tekniikoilla.

Nykyään yleisimmät sekvensointimenetelmät kuuluvat nopeaan, korkeatuottoiseen seuraan, kuten seuraavan sukupolven sekvensointiin (NGS). NGS-teknologiat mahdollistavat lukuisia lyhyitä tai keskipitkiä luentopätkiä samanaikaisesti suurella kapasiteetilla. Tunnetuimpia sovelluksia ovat genomien, eksomien, transkriptomien ja metagenomien kartoitukset sekä kliiniset diagnoosit.

Erilaisia teknologioita ovat Illumina-tyyppinen sekvensointi (pääasiallisesti lyhyet luetut pätkät), PacBioin SMRT-sekvensointi (pitkät luetut pätkät, korkeampi virheaste) ja Oxford Nanoporen järjestelmät (ultra-long reads). Sekvensointimenetelmien valintaan vaikuttavat tarkoitusperä, toivottu luennan pituus, kustannukset ja vaadittu tietomäärä.