restriksjonsfragment

Restriksjonsfragment er en DNA-del som dannes når et restriksjonsenzym klipper et DNA-molekyl ved spesifikke gjenkjenningssekvenser. Hvert DNA-molekyl inneholder ofte flere slike steder, og enzymet kutter mellom eller innenfor disse sekvensene, noe som produserer fragmenter av varierende lengde. Lengden på fragmentene avhenger av antall og plassering av restriksjonssetene i DNA-sekvensen.

Restriksjonsenzymer kan danne to typer ender: sticky ends (overheng) og blunt ends. Sticky ends har korte komplementære overhenger som letter ligering av fragmenter ved kloning. Blunt ends har ingen overheng og er dermed vanskeligere å lime sammen.

Anvendelser: Restriksjonsfragmenter brukes i analyse av DNA gjennom restriksjonsfragmentlengde-polymorfisme (RFLP). Genetiske variasjoner mellom individer kan endre hvor restriksjonssetene finnes, noe som gir forskjeller i fragmentlengder etter enzymatisk kutting. Disse forskjellene kan skilles ved gelelektroforese og bekreftes med Southern blotting. RFLP har vært viktig for genetisk kartlegging, rettsmedisinsk identisering og molekylær diagnostikk før utbredt bruk av PCR.

Prosedyre: DNA blir behandlet med restriksjonsenzym og fragmentene separeres etter størrelse ved gelelektroforese. Fragmentene kan visualiseres ved farging eller radiotagging. En Southern blot legger over fragmentene på en membran slik at spesifikke DNA-sekvenser kan detekteres med komplementære prober. Med utviklingen av PCR og sekvensering har bruken av restriksjonsanalyse blitt mer automatisert, men prinsippene er fortsatt grunnleggende i mange laboratorier.

Historie: Oppdagelsen og studiet av restriksjonsenzymer på 1960- og 1970-tallet, blant annet av Werner Arber og Hamilton Smith, banet veien for molekylær kloning og genkartlegging. Restriksjonsfragment er derfor en sentral enhet i molekylærbiologi.