proteomicznych

Proteomika to dziedzina nauki zajmująca się proteomem – całkowitym zestawem białek wyrażanych przez genom, komórkę, tkankę lub organizm w danym stanie. Jest komplementarna do genomiki i transkryptomiki i ma na celu identyfikację, kwantyfikację oraz charakterystykę białek, w tym ich modyfikacji potranslacyjnych, interakcji, lokalizacji i funkcji. Proteomika obejmuje również badanie zmian proteomu w odpowiedzi na bodźce biologiczne.

Główne metody obejmują przygotowanie próbek, rozdział białek i peptydów, zwykle poprzez elektroforezę lub chromatografię cieczową (LC), oraz detekcję masową (MS i MS/MS). W praktyce stosuje się różne techniki, takie jak MALDI-TOF i LC-MS/MS, a kwantyfikacja może odbywać się metodami znakowania (SILAC, iTRAQ, TMT) lub bez znakowania (label-free).

Analiza danych proteomicznych opiera się na bazach danych i narzędziach bioinformatycznych. Do powszechnie używanych zasobów należą UniProt, PRIDE i PeptideAtlas. Oprogramowanie służące do identyfikacji i kwantyfikacji obejmuje Mascot, Sequest, MaxQuant, Skyline oraz inne platformy do przeglądu zestawów danych proteomicznych.

Zastosowania proteomiki obejmują odkrywanie biomarkerów, zrozumienie mechanizmów chorób, identyfikację celów terapeutycznych, monitorowanie odpowiedzi na leczenie oraz rozwój nowych leków. Proteomika często współpracuje z genomiką, transcriptomiką i metabolomiką w ramach badań systemowych.

Wyzwania obejmują szeroki zakres dynamiczny białek, różnorodność modyfikacji potranslacyjnych, złożoność danych, problemy z reprodukowalnością i standaryzacją metod. Przyszłość proteomiki obejmuje rozwój proteomiki single-cell, integrację multiomiki oraz modele predykcyjne w opiece zdrowotnej.