orthologybasierte
Orthologybasierte Ansätze beziehen sich auf Verfahren in der Biologie, die orthologische Bezüge zwischen Genen verwenden, um Funktionen, Annotationen oder Vergleiche zwischen Arten zu unterstützen. Orthologen sind Gene, die aus einem gemeinsamen Vorfahren stammen und typischerweise ähnliche Funktionen behalten, während Paralogie durch Genduplikation entsteht.
Die Feststellung von Orthologie erfolgt durch vergleichende Genomik, Phylogenetik oder Kontextinformationen. Typische Methoden umfassen bidirektionale Best-Best-Hit,
Anwendungen umfassen die Übertragung funktionaler Annotationen von Modellorganismen auf andere Arten, das Rekonstruieren von Stoffwechselwegen, sowie
Vorteile: verbesserte Funktionszuordnung, robuster Transfer von Wissen. Herausforderungen: fehlerhafte Orthologenzuweisungen, beeinflusst durch Genomqualität, spezielle Fälle wie
Wichtige Ressourcen und Tools: OrthoDB, eggNOG, OrthoMCL, InParanoid, PANTHER, sowie Werkzeuge wie eggNOG-mapper. Diese Basen liefern