nãoLTR

NãoLTR, abreviação de não-long terminal repeat, é uma classe de retrotransposões de RNA presentes em genomas de eucariotos que não possuem repetições terminais longas. Em muitos genomas, o grupo nãoLTR abrange principalmente LINEs (Long Interspersed Nuclear Elements) e SINEs (Short Interspersed Nuclear Elements). Diferentemente de retroelementos com LTR, como retrovírus endógenos, os elementos nãoLTR replicam sem apresentar LTRs em suas extremidades.

LINEs são elementos autônomos que codificam a maquinaria necessária para sua própria transposição, incluindo reverse transcriptase e endonuclease. SINEs são não-autônomos e dependem da maquinaria de LINEs para se mover; exemplos bem conhecidos incluem L1 (LINE-1) autônomo em humanos e Alu, SVA, que são SINEs dependentes. Em humanos, os LINEs contribuem de forma substancial à diversidade do genoma, e os SINEs representam uma fração adicional significativa de duplicações e variações.

Mecanismo de transposição: envolve a transcrição do RNA do elemento, seguido de retrotransposição por cópia de RNA. O L1 geralmente codifica uma endonuclease que faz uma nick no DNA alvo, iniciando a síntese de DNA por meio de retrotransposição com primer de DNA no próprio sítio de inserção (target-primed reverse transcription, TPRT). A maioria das cópias é truncada ou inativa, mas algumas permanecem capazes de se mover.

Impacto biológico: as inserções podem gerar mutações, alterar a regulação gênica ou promover recombinação genomic entre elementos repetidos. NãoLTR tem sido uma força evolutiva importante e está sujeita a silenciamento epigenético, principalmente por metilação de DNA e vias de RNA piwi-interacting.

Importância para pesquisa: o estudo de nãoLTR envolve genômica de população, evolução genômica e a relação entre inserções e doença. Técnicas de sequenciamento e análises computacionais ajudam a mapear novas inserções e entender a dinâmica desses elementos.