aminosyraordning

Aminosyraordning är ordningen av aminosyror i ett protein eller peptid, från N-terminalen till C-terminalen. Den består av lineärt raderade enheter som binds samman av peptidbindningar och utgör proteinets primärstruktur.

Den bestäms av genens DNA-sekvens. Under transkriptionen skapas messenger-RNA som transporterar koden. Ribosomen översätter kodon i mRNA till specifika aminosyror enligt den genetiska koden. Startkodonet AUG initierar translationen och leder till en polypeptid som får sin N-terminal.

Aminosyraordningen kan noteras med tre bokstäver (t.ex. Ala, Cys) eller en bokstavskod (A, C). Proteiner varierar i längd och innehåller allt från några tiotal till flera tusen aminosyror; kompositionen avgör kemiska egenskaper såsom laddning och hydrofobicitet.

Primära strukturen styr hur proteinet veckas till sekundär, tertiär och kvartär struktur och därmed dess funktion och interaktioner. Små förändringar i ordningen (mutationer) kan påverka funktion eller orsaka sjukdom. Sekvenser kan också innehålla motif och domäner som är bevarade över arter.

Analys av aminosyrasekvenser används inom proteomik och bioinformatik. Tidiga metoder inkluderade Edman-degradering; moderna tekniker använder masspektrometri och de novo-sekvensering. Sekvenserna lagras i databaser som UniProt och används för jämförelser och funktionell annotation.