Transkriptionsåtkomst

Transkriptionsåtkomst är begreppet som beskriver i vilken utsträckning DNA-regioner kan nås av transkriptionsmaskineriet och regulatoriska proteiner, såsom RNA-polymeras II och transkriptionsfaktorer. Åtkomsten påverkas av kromatinets tillstånd: i eukromatin är regioner oftast tillgängliga, medan heterokromatin gör dem mindre tillgängliga. Denna tillgänglighet styrs av nucleosomernas positionering och av epigenetiska märken som histonmodifieringar samt DNA-metylation. Olika mekanismer kan öka åtkomsten, exempelvis kromatinremodellering genom komplex som SWI/SNF, histonmodifieringar som ökar eller minskar tillgängligheten, och närvaro av pionjärfaktorer som öppnar stängda kromatinregioner.

Transkriptionsåtkomst är särskilt central vid promotorer och enhancers där öppen kromatin möjliggör bindning av transkriptionsfaktorer och rekrytering av den basaltranskriptionsmaskinen, inklusive RNA-polymeras II. Åtkomsten är dynamisk och förändras under cellutveckling, i svar på signaler och vid sjukdom.

Forskning inom transkriptionsåtkomst använder tekniker som DNase I-hänvisbara sites (DNase-seq), ATAC-seq, MNase-seq och FAIRE-seq för att kartlägga öppna kromatinregioner. Dessa metoder mäter tillgången men säger ofta inte direkt om aktiv transkription; kompletterande data som RNA-seq och ChIP-seq behövs.

Betydelse: variationer i transkriptionsåtkomst formar regulatoriska landskap, styr celltypsspecifik genuttryck, utveckling och svar på miljöförändringar, och har stor roll i sjukdomar som cancer. De används också för att identifiera regulatoriska varianter och kartlägga nätverk av transkriptionsfaktorer.