Stoppkodoner

Stoppkodoner är specifika tripletter i mRNA som signalerar avslutningen av translationen och därmed syntesen av ett protein. Dessa kodon kodar inte för någon aminosyra. När ribosomen stöter på ett stoppkodon i A-stället kommer inte tRNA att bifoga något ytterligare aminosyra; istället rekryteras värdproteiner som kallas release factors, vilket leder till att peptidkedjan friläggs och ribosomen återanvapnas.

I det universella genetiska kodsystemet finns tre stoppkodoner: UAA, UAG och UGA i mRNA ( motsvarande DNA-koderna TAA, TAG och TGA). Dessa kodon används olika frekvent beroende på organism och celltyp. I många organismer är UAA det mest effektiva stoppkodonet, medan frekvensen av varje kodon kan påverka termineringens effektivitet och genuttrycket.

Mekanismerna bakom termination skiljer sig mellan olika domäner. I eukaryoter är release factors eRF1 och eRF3 centrala för att känna igen stoppkodonen och främja hydrolys av bindningen mellan polypeptiden och tRNA i ribosomen. I prokaryoter används RF1 och RF2 med något olika specificitet för vilka kodon de känner igen. Efter terminering reas ribosomen upp i delar och nya translationscykler kan börja.

Variationer finns också i vissa organeller och enskilda organismer där det genetiska kodsystemet avviker från det universella, till exempel genom alternativa tolkningar av vissa stoppkodoner. Stoppkodoner har också praktisk betydelse inom bioteknik, där stopkodon kan optimeras eller användas för att kontrollera proteinslut och för fusioner av signal- eller taggsonger.