Sequenzbasierte

Sequenzbasierte Verfahren, Analysen und Diagnostiken bezeichnen wissenschaftliche Methoden, die Sequenzinformation nutzen. Der Begriff betont die Reihenfolge und Identität der Elemente in einer Sequenz, etwa DNA- oder Proteinsequenzen oder der Abfolge von Ereignissen, und leitet Informationen primär aus der Sequenzstruktur ab.

Im Biomedizinischen Bereich spielen sequenzbasierte Ansätze eine zentrale Rolle. Sequenzbasierte Diagnostik bestimmt Nukleotidfolgen, um Pathogene zu identifizieren, Varianten zu erkennen oder Expressionsprofile zu analysieren. Typische Workflows umfassen Probenvorbereitung, Sequenzierung, Abgleich mit Referenzsequenzen, Variantenauflösung und Interpretation. Whole-Genome- oder gezielte Sequenzierung sind gängige Technologien.

In Informatik, Linguistik und Statistik werden sequenzbasierte Methoden genutzt, um Muster in geordneten Daten zu erkennen. Beispiele sind N-Gramm-Modelle in der Sprachverarbeitung, Sequenzalignment in der Bioinformatik sowie Mustererkennung in Zeitreihen oder Ereignisfolgen (z. B. sequenzbasierte Mustererkennung, versteckte Markov-Modelle).

Vorteile liegen in der Detailtiefe und der direkten Nutzung der Sequenzstruktur; Herausforderungen bestehen in Kosten, Datenvolumen, Rechenbedarf und interpretativen Anforderungen, außerdem Datenschutzfragen bei genetischen Daten.

Der Begriff ist ein übergreifender Oberbegriff. Er beschreibt eine Klasse von Methoden, die sich durch die Nutzung von Sequenzen auszeichnen, und variiert je nach Disziplin in der konkreten Methodik und Anwendung.