Sekvensanalys

Sekvensanalys är studiet av ordnade serier av data, händelser eller symboler med syfte att upptäcka mönster, struktur och funktion. Metoderna och tillämpningarna varierar mellan discipliner men gemensamt är att analysera hur element följer varandra över tid eller i ett givet system.

Inom biologi och genomik används sekvensanalys framför allt för att tolka DNA-, RNA- och proteinkedjor. Vanliga uppgifter är att identifiera gener och funktionella element, hitta likheter mellan organismer, kartlägga mutationer samt göra släkt- eller evolutionsanalyser. Typiska tekniker inkluderar sekvensjämförelser och upptäckt av konserverade mönster, såsom motif-sökning, samt användning av probabilistiska modeller som HMM (dold Markov-modell) och olika algoritmer för lokal eller global alignering. Resultaten kan vara konstruerade sekvenser, alignments, variantkallning eller fylogenetiska träd.

Inom lingvistik och textanalys används sekvensanalys för att studera ord- eller teckenbaserade mönster i textkorpuset, såsom syntaxmässiga strukturer, stilistiska variationer eller språkutveckling över tid. Här innefattas ofta korpusbaserad analys, segments- och n-gram-modeller samt mönster- eller temasökning.

Inom informationsvetenskap och affärsanalys kan sekvensanalys tillämpas på händelsekedjor och processer (t.ex. process mining) för att förstå arbetsflöden, identifiera flaskhalsar eller optimera arbetsflöden.

Begränsningar inkluderar datakvalitet, beräkningskostnader, tolkning av resultat och etiska överväganden när man hanterar biologiska eller persondata.

---