SDFDateien

Eine SDFDatei (Structure-Data-File) ist ein Textdateiformat in der Chemie, das dazu dient, mehrere Molekülstrukturen und zugehörige Metadaten in einer einzigen Datei zu speichern. Sie basiert auf dem MDL Molfile-Format und ergänzt dieses um strukturierte Datensätze, die als Property Data bezeichnet werden. SDF-Dateien werden weltweit zum Austausch und zur Speicherung von chemischen Daten genutzt.

Aufbau und Inhalt: Jede Struktur in einer SDF-Datei wird durch einen Molfile-Block beschrieben, der Atome, Koordinaten und Bindungen enthält. Danach folgen Datensegmente, die mit Feldern wie > <PropertyName> markiert sind und dazugehörige Werte enthalten. Am Ende jeder Struktur steht die Trennzeile $$$$, die das Ende dieser Struktur kennzeichnet. Durch diese Struktur lassen sich Moleküle zusammen mit zugehörigen Eigenschaften wie experimentellen Werten, Eigenschaften oder Referenzen speichern.

Verbreitung und Anwendungen: SDF-Dateien sind ein verbreitetes Standardformat in der Cheminformatik und im chemischen Datenmanagement. Sie ermöglichen den Import, Export und den Austausch von Moleküldaten in Programmen und Datenbanken. Tools wie Open Babel, RDKit oder ChemDraw können SDF-Dateien lesen und schreiben, und große chemische Datenbanken exportieren oder importieren Daten im SDF-Format.

Vorteile und Einschränkungen: Der Hauptvorteil von SDF-Dateien liegt in ihrer Fähigkeit, mehrere Moleküle plus umfangreiche Metadaten in einer einzigen Datei zu speichern. Sie sind relativ einfach zu parsieren und menschenlesbar. Zu den Einschränkungen gehören potenziell sehr große Dateigrößen, teils uneinheitliche Implementierungen und begrenzte Unterstützung für komplexe Datenstrukturen oder neue Datentypen in älteren Tools.

Siehe auch: MDL Molfile, Structure Data File, SMILES, InChI, RDKit, Open Babel.