Peptidsekvenser

Peptidsekvenser beskriver ordningen av aminosyror i en peptid eller ett polypeptid och utgör den primära strukturen som avgör många egenskaper hos molekylen. En peptid består av en kedja av aminosyror förenade med peptidbindningar i riktning från N- till C-terminus. Sekvensen kan skrivas med ett bokstavskodssystem (t.ex. A för alanin, R för arginin) eller med tre bokstäver långa förkortningar. Längden varierar från två till flera hundra aminosyror; längre kedjor utgör proteiner, vilka ofta består av en eller flera polypeptidkedjor.

Att bestämma peptidsekvensen kallas sekvensering. Traditionellt användes Edman-degradering för längre kända peptider, medan modern analys ofta bygger på masspektrometri och tandem-MS för att avläsa sekvenser i större peptider och i komplexa proteiner. Resultaten jämförs vanligtvis mot databaser som UniProt eller NCBI Protein för att identifiera proteiner eller placera peptiden i ett större sammanhang.

Peptidsekvenser är centrala inom proteomik, funktionell biologi och läkemedelsdesign. Ändringar i sekvensen kan uppstå naturligt via mutationer eller genom posttranslationella modifieringar, vilka kan påverka bindning, enzymatisk aktivitet eller stabilitet. Att förstå sekvensen är därför grundläggande för att förutsäga struktur, funktion och interaktioner hos biologiska molekyler.