Nukleinsyrefraksjon

Nukleinsyrefraksjon, eller nukleinsyrefraksjonering, er samlebegrepet for metoder som deler nukleinsyrer i separate fraksjoner. Hovedformålet er å isolere spesifikke typer eller størrelser av DNA og/eller RNA for videre analyser og anvendelser i molekylærbiologi, genekstraksjon, kloning og sekvensering. Fraksjonering utnytter forskjeller i molekylvekt, konformasjon, ladning og kjemisk sammensetning, samt behovet for å fjerne kontaminanter som proteiner og lipider.

Sentrale tilnærminger inkluderer sentrifugasjon i tetthetsgradienter. DNA kan skilles etter basekomposisjon i CsCl-tetthetsgradienter, mens RNA og større molekyler ofte deles ved sukkosegradienter eller ved differensiell sentrifugasjon som separerer plasmid- og kromosomal DNA. Sentrifugasjon brukes også for å rense og konsentrere fraksjoner før videre behandling.

I tillegg brukes kjemiske og fysiske metoder som avsetning og kromatografi. Ethanol- eller isopropanol-precipitering kombineres ofte med salt for å konsentrere og rense DNA eller RNA. LiCl-precipitering favoriserer typisk RNA. Kromatografiske teknikker basert på ladning (ionebytte), størrelse (size-exclusion) og affinitet (for eksempel DNA-bindende produkter eller spesifikke fargestoffer) gir høyere renhet og bedre fraksjonskontroll.

Anvendelser omfatter isolasjon av plasmid-DNA, genomisk DNA, total RNA, rRNA og mRNA, samt prøveseparasjon før sekvensering, kloning eller kvantitativ analyse. Vurderinger ved nukleinsyrefraksjon inkluderer kvalitetsmål som A260/A280, integritet på agarose- eller polyakrylamidgel, og kontroll av kontaminanter for å sikre pålitelig downstream-analyse.