Huvudisoformer

Huvudisoformer är ett begrepp som används inom molekylär biologi och genomik för att beteckna de mest betydelsefulla eller mest uttryckta isoformsvarianterna av en gen i ett givet sammanhang. Isoformer uppstår genom alternativ splitsning och kan skilja sig i exon-innehåll, kodande sekvens och funktionella domäner. Begreppet används ofta för att referera till en övergripande eller referens-variant i databaser och analyser, även om exakt definition kan variera mellan studier och annotationssystem.

Namn och användning varierar mellan databaser. I svenska och internationella sammanhang används ibland termer som huvudisoform, huvudsaklig isoform eller canonical isoform. Vissa databaser anger en särskild isoform som referens baserat på kriterier som uttrycksnivå, bevarande över arter eller längd på den kodande sekvensen. Det finns därför ingen universell standard, och begreppet beskrivs bäst i relation till den specifika dataset eller annotation som används.

Identifiering och kriterier. Huvudisoformen främkommer ofta ur RNA-sekvensdata och proteomik, där den referensisoform som dominerar i en vävnad eller under en viss condition väljs som huvudsaklig. Kriterier kan inkludera högsta uttryck (TPM/FPKM), största bevarande över arter, eller längsta kodande sekvens. Det finns också fall där flera huvudsakliga isoformer delas mellan vävnader eller utvecklingsstadier.

Betydelse och begränsningar. Fokus på huvudsakliga isoformer förenklar funktionell annotation och jämförande genomik, men kan leda till underskattning av biologisk funktion hos mindre korrelerande isoformer. Vid studier av alternativ splitsning är det viktigt att beakta att sekundära isoformer kan vara av stort relevans i vissa sammanhang.

Se även: canonical transcript, alternativt splicing, isoform, transkriptom.