GCinnehållet

GC-innehållet, eller GC-content, är andelen kvävebaserna guanin och cytosin i en DNA- eller RNA-sekvens. Det beräknas vanligtvis som GC% = (G+C)/(A+T+G+C) × 100. Eftersom G–C-bindningar har tre vätebindningar medan A–T har två, påverkar GC-innehållet molekylens termiska stabilitet och smältningsprofil. Högt GC-innehåll kräver ofta högre temperatur för denaturering och kan influera primärbindning och effektivitet vid PCR.

Variationer i GC-innehåll förekommer både mellan arter och inom genom. Vissa bakterier har hög GC, till exempel Actinobacteria, medan andra har lägre GC. I eukaryoter uppträder regionala skillnader kallade isochores, med GC-rika och GC-poor områden som ofta korrelerar med kromatinstruktur och genreglering. Hos vertebrater finns även CpG‑öar, regioner med högre GC-innehåll som ofta ligger i eller nära promotorer och kan spela en roll i genreglering.

Betydelsen av GC-innehållet sträcker sig från molekylärbiologi till evolutionära frågor. Det påverkar kodonbruk och genuttryck, muteringsmönster och den övergripande genomkompositionen. Praktiskt används GC-innehåll vid primerdesign, optimering av sekvensföring och jämförelse mellan genom för att förstå struktur och funktion. Mätningar görs främst via sekvensdata och bioinformatiska beräkningar, men kan också kompletteras med empiriska metoder. Begränsningar inkluderar tekniska biaser i sekvensering och amplicering som kan påverka beräkningar av GC-innehållet.