GCbindningar

G-C-bindningar avser vätebindningarna mellan guanin och cytosin i DNA och RNA. I den klassiska Watson-Crick basparningen bildar G−C-paren tre vätebindningar, jämfört med två i A−T (eller A−U i RNA). Denna extra bindning gör G−C-paren generellt starkare och bidrar till ökad duplexstabilitet hos nukleinsyror.

Stabiliteten hos en DNA- eller RNA-dublex påverkas av det totala G- och C-innehållet. Högt GC-innehåll leder till högre termisk stabilitet och högre uppvärmningstemperatur (Tm), vilket påverkar denaturering, replikation och transkription. Variationer i GC-innehåll förekommer mellan organismer och mellan olika delar av genomet. Regionen med högt GC-innehåll kan påverka DNA:s struktur och kondensation och kan kräva olika villkor vid biokemiska analyser och PCR.

Mätning och användning av GC-bindningar omfattar beräkning av GC-innehåll. Detta anges vanligtvis som procent av baserna som är G eller C i förhållande till totalt antal baspar. GC-innehåll används ofta i genomik och i laboratoriemiljö för primerdesign och optimering av PCR, eftersom högt GC-innehåll kan göra amplification mer utmanande och kräva justeringar av temperaturer och polymeraskoncentrationer. Andra närliggande begrepp inkluderar GC-skew, som beskriver asymmetri i G- och C-fördelning mellan DNA-strängarna, samt CpG-öar, regioner med särskilt högt GC-innehåll som ofta är kopplade till reglering av genuttryck.