rRNAsekvensering

rRNAsekvensering er en molekylær metode for identifikasjon og fylogenetisk analyse basert på sekvenser av ribosomalt RNA-gener. Den mest brukte målregionen er 16S rRNA-gen hos bakterier og archaea, mens 18S rRNA-gen brukes for eukaryoter. Generene har konserverte områder som gjør det mulig å bruke universale primere, og variable regioner som gir forskjeller mellom arter, noe som gjør metoden egnet for både bred taksonomisk gjenkjenning og fylogenetiske analyser.

Prosessen starter vanligvis med DNA-ekstraksjon fra prøver, etterfulgt av PCR-forsterkning av et bestemt område av 16S- eller 18S-genene ved hjelp av universale primere. Sekvenseringen kan gjennomføres med tradisjonell Sanger-sekvensering eller høytytende plattformer som Illumina, PacBio eller Oxford Nanopore. Dataene behandles med kvalitetskontroll, og sekvensene grupperes i Amplicon Sequence Variants (ASV) eller Operational Taxonomic Units (OTU), før artsbestemmelse ved sammenligning mot referansedatabaser som SILVA, RDP, Greengenes eller UNITE.

Bruksområder inkluderer mikrobiell økologi og identifikasjon, overvåkning av miljøprøver og klinisk diagnostikk, samt forskning på mikrobiomer hos mennesker og dyr. 18S-sekvensering brukes særlig for studier av eukaryotiske samfunn.

Begrensninger inkluderer ofte lavere oppløsning til artsnivå, avhengighet av omfattende referansebiblioteker og kopitall i ribosomale gener, samt PCR-bias og andre tekniske faktorer som kan påvirke kvantitativ tolkning. Tilgang til standardiserte protokoller og kvalitetsdatabaser er viktig for pålitelig tolkning.