pangenomikkaprogrammer
pangenomikkaprogrammer er en samlebetegnelse for programvare som brukes til å samle, sammenligne og analysere komplekse genetiske data fra flere organismer eller flere stammer av samme art. Formålet er å bygge komplekse såkalte pan-genomer som reflekterer den totale genetiske variasjonen i en populasjon eller en gruppe.
En pan-genom består av et kjernegenom som er felles for alle individer, og et dispensabelt eller manglende
Typiske oppgaver for programvaren er: sammensetning av de enkelte genome fra kortsekvenser (assembly), identifisering og annotering
Populære verktøy inkluderer PanX, Roary, Panaroo, anvi’o, og GenAPI, som tilbyr ulike algoritmer for klyngebasert klassifisering,
Utfordringer i feltet inkluderer håndtering av svært store, diverse dataset, sikring av reproduksjon og interoperabilitet mellom