epigenomik

Epigenomik, DNA dizisini değiştirmeden gen ifadesini düzenleyen kimyasal işaretler ve kromatin düzenlemelerini inceleyen bilim dalıdır. Epigenom, hücre tipine bağlı olarak değişen epigenetik işaretlerin tümünü kapsar ve gelişim, doku farklılaşması ile yanıt mekanizmalarını yönlendirir. Bu alan, gen ifadesinin nasıl “açık” veya “kapalı” hale geldiğini anlamaya odaklanır.

Ana mekanizmalar arasında DNA metilasyonu (çoğunlukla CpG dinamikleri), histon modifikasyonları (metilasyon, asetilasyon, fosforilasyon vb.), kromatin yapısının düzenlenmesi ve bazı durumlarda uzun kodlayıcı olmayan RNAs yer alır. Ayrıca üç boyutlu genom organizasyonunun (örneğin türetilmiş hücreler arasındaki fiziksel temaslar) rolü de epigenomik açısından önemlidir. Bu mekanizmalar, hücre tipine göre spesifik bir ifadeyi destekler ve çevresel etkilerle dinamik olarak değişebilir.

Ölçüm ve analiz için bir dizi teknik kullanılır. DNA metilasyonunun haritalanması için bisülfit sekanslama (WGBS veya RRBS), histon işaretlerinin belirlenmesi için ChIP-seq, açık kromatin bölgelerinin tespiti için ATAC-seq uygulanır. 3D genom yapısını incelemek için Hi-C ve tek hücre düzeyinde epigenomik analizler de geliştirilmiştir. Bu teknikler, büyük ölçekli projelerde epigenomografi olarak bilinir.

Kullanım alanları arasında gelişim ve hücre diferansiasyonu, imprinting ve X kromozomunun inaktivasyonu, kanser ve diğer hastalıkların epigenetik bileşenleri ile yaşlanma biyolojisi ve epigenetik saatler bulunur. Epigenetik terapiler ve biyobelirteçler de potansiyel amaçlar arasındadır, ancak bunlar karmaşık ve tartışmalıdır.

See also:

- Epigenetik

- DNA metilasyonu

- Histon modifikasyonları

- Kromatin yapısı

- Epigenetik clock