asetylaatiomerkintöjä

Asetylaatiomerkinnät ovat proteiinien post-translationaalisia modifikaatioita, joissa asetyyliryhmä siirretään lysiinireiduksiin tai proteiinin N-terminaaliin. Histonien asetylaatiot ovat tunnetuimpia ja niillä on keskeinen rooli kromatiinin rakenteen ja geenien ilmentymisen sääntelyssä.

Kun asetyyliryhmä lisätään histoneihin, lysiinien positiivinen varaus vähenee, mikä helpottaa DNA:n rakenteen avautumista ja transkriptiofaktoreiden pääsyä. Merkinnät säätelevät kromatiinin aktiivisuutta histon-ekspression hallintaan osallistuvien entsyymien kautta: histone acetyltransferases (HATs) lisääntyvät merkintöjä, kun taas histone deacetylases (HDACs) poistavat niitä. Sirtuinit muodostavat erityisen HDAC-luokan. Yleisimmät histonien asetylaatiomerkinnät ovat esimerkiksi H3K27ac, H3K9ac ja H4K16ac.

Asetylaatio ei rajoitu histoneihin; monet proteiinit voivat olla asetyloituneita, mikä vaikuttaa niiden vakauteen, paikallistamiseen ja vuorovaikutuksiin sekä osallistuu esimerkiksi DNA-tapojen korjaukseen, signaalinsiirtoon ja metabolisia reitteihin. Merkinnät ovat dynaamisia ja herkästi reagoi solun metaboliikkaan ja ympäristötiloihin.

Tutkimuksessa asetylaatiomerkintöjä voidaan tunnistaa käyttämällä anti-acetyl-lysine -vasta-aineita immunoprecipitaation avulla, sekä kartoitusmenetelmin kuten ChIP-seq histonien asetylaation levinneisyyden selvittämiseksi ja massaspektrometria yksittäisten merkintöjen ja niiden kokonaisuuden kartoittamiseksi.

Merkintöjen dynamiikka liittyy kehitykseen, stressivasteisiin ja moniin sairauksiin, mukaan lukien syöpä ja neurodegeneratiiviset tilat, ja ne heijastavat solun energiatasapainon sekä signaalivastausten säätelyä.