aminohapposekvenssistä

Aminohapposekvenssi tarkoittaa tietyn proteiinin aminohappojen järjestystä sen N-terminuksesta C-terminukseen. Primaarirakenne määrittelee proteiinin ominaisuudet ja muodostaa perustan kolmiulotteiselle rakenteelle sekä sen toiminnalle.

Aminohapot ovat 20 yleistä lajia, ja niiden järjestys määräytyy genomin DNA:sta transkriptio- ja käännösprosessin kautta. Jokainen aminohappo määräytyy tietyn kodonin mukaan. Genetinen koodi on degeneroitunut, mikä tarkoittaa, että useilla kodoneilla voidaan koodata samaa aminohappoa.

Sekvenssi vaikuttaa proteiinin primaarirakenteeseen, ja niillä on keskeinen rooli proteiinien toiminnassa. Sekvenssianalyysiä käytetään löytämään homologiaa, tunnistamaan motifteja ja domäätejä sekä ennustamaan toimintaa. Vertailut ja alignoinnit paljastavat evolutiivisia suhteita.

Sekvensointiin liittyviä menetelmiä ovat Edmanin sekvensointi, Sanger-sekvensointi sekä massaspektrometria (MS/MS). Nykyään monet proteiinien sekvenssit tuotetaan ja tallennetaan bioinformatiikan tietokantoihin, missä ne ovat tutkijoiden käytettävissä. Sekvenssien esitykseen käytetään usein yhdenkirjaimisia tai kolmenkirjaimisia koodeja.

Tietokannoissa kuten UniProt, NCBI Protein ja PDB on laaja kokoelma proteiinien sekvenssejä sekä niihin liittyviä ominaisuuksia, kuten toiminto, sijainti soluissa ja rakenne.