Aminohapposekvenssi

Aminohapposekvenssi tarkoittaa proteiinin tai peptidin aminohappojen järjestystä lineaarisessa ketjussa. Se muodostuu peptidisidoksilla yhdistyneistä aminohapoista alkaen N-terminuksesta päättyen C-terminukseen, ja se määrittää primaarirakenteen, joka on lähtökohta kolmiulotteiselle laskostumiselle ja biologiselle toiminnalle.

Aminohapposekvenssi määräytyy geneettisesti, sillä mRNA:n kodonit koodavat tiettyjä aminohappoja genetisen koodin mukaan. Sekvenssi ilmaistaan usein kolmikirjaimisilla tai yksikirjaimisilla koodeilla. Sekvenssin muutokset, kuten substituutiot, deleetiot ja insertiot, voivat vaikuttaa proteiinin rakenteeseen ja toimintaan ja aiheuttaa esimerkiksi sairauksia tai adaptiivisia muutoksia.

Sekvensseille voidaan määrittää arvojärjestys suoraan proteiinin kemiallisilla menetelmillä (esim. Edmanin reaktio, massaspektrometria) tai epäsuorasti DNA-sekvenssin perusteella. Bioinformatiikassa aminohapposekvenssejä verrataan ja kohdennetaan tietokantoihin, käytetään alignauksessa, filogenetiikassa, rakenteenennusteissa ja proteiinisuunnittelussa. Post-translationaaliset modifikaatiot muokkaavat usein proteiinin ominaisuuksia mutta eivät muuta perussekvenssiä.

Aminohapposekvensin ymmärtäminen on keskeistä molekyylibiologiassa, lääketieteessä ja bioteknologiassa, koska se yhdistää geneettisen tiedon toiminnalliseen ilmentymään.