Sekvensvariationer

Sekvensvariationer är skillnader i DNA-sekvensen mellan individer eller celler jämfört med en referensgenom. De uppstår genom mutationer och andra genetiska mekanismer och kan förekomma i olika storlek och omfattning. De viktigaste typerna är enkelt-nukleotidvarianter (SNVs eller SNPs), insertions och deletions (indels), samt större strukturella varianter som kopieringsvarianter (CNVs) och inversions.

Upptäckt och begrepp omkring variationerna sker huvudsakligen genom sekvensanalys. Genomsekvenisering eller exomsekvenisering används för att avtäcka variationer, där läsor jämförs med en referenssekvens och varianter kallas. Varianter definieras oftast som referensallel mot alternativ allel och deras zygositet beskrivs som homozygot eller heterozygot. Begrepp som minor allele frequency (MAF) används för att beskriva hur vanligt en variant är i en population.

Betydelsen av sekvensvariationer är mångfacetterad. Vissa varianter påverkar proteiners aminosyrasekvens eller mRNA-splitsning och kan kopplas till sjukdomar, läkemedelsrespons eller andra tecken på biologisk variation. Variationer används inom befolkningsgenetik, historisk släktforskning och klinisk diagnostik för att tolka risker och utvärdera skräddarsydd behandling. Data lagras ofta i databaser som dbSNP, ClinVar och gnomAD, vilka stödjer tolkning och jämförelser över studier.

Utmaningar i studier av sekvensvariationer omfattar tekniska fel vid sequencing, svårigheter i att läsa igenom repetitiva eller komplexa regioner, och tolkningen av vad en given variant verkligen innebär biologiskt eller kliniskt. Etiska och sekretessrelaterade frågor är också viktiga när data används i kliniska sammanhang.