Sangerszekvenálás

Sangerszekvenálás, vagy Sanger-szekvenálás, egy DNS-szekvenálási módszer, amelyet Frederick Sanger és kollégái fejlesztettek ki 1977-ben. A módszer célja egy adott DNS-fragmentum pontos bázissorrendjének meghatározása.

Az elv lényege a DNS-szintézis során alkalmazott lánctermináció: dideoxynukleotidokkal (ddNTP-k) történő beépülés miatt a szintézis megszakad, mert a 3'-OH csoport hiányzik. Négyféle ddNTP-vel (ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP) és a normál dNTP-kkel végzett reakciók során minden egyes lánc a saját hosszúságú, terminált DNS-fragmentumot hoz létre. A fragmentumokat méret szerint elektroforézissel választják el, és a végén található jelölő csoport alapján határozzák meg a bázist. A modern változatok fluorescence-szel jelölt ddNTP-ket használnak, így capilláris elektroforézissel automatikusan olvasható kromatogramokból nyerhető ki a szekvencia.

Alkalmazások és szerep: hosszú ideig ez volt a legpontosabb módszer kis- és közepes méretű DNS-szakaszok meghatározására, például plazmidok, PCR-termékek és ellenőrző szekvenciák esetében. Ma a Sanger-szekvenálás leginkább célzott szekvenálásra és clone-ok ellenőrzésére használatos, mivel a teljes genom szekvenálását nagy áteresztőképességű Next-Generation szekvenálási (NGS) módszerek végzik.

Előnyök és korlátok: rendkívül magas pontosság és könnyű értelmezhetőség; hátrányai a korlátozott olvasási hossz (általában ~600–1000 bázispár) és az alacsonyabb áteresztőképesség, ami költségesebb nagyobb feladatokra.