Rakennevarianttien

Rakennevariantit ovat genomissa esiintyviä DNA-segmenttien rakenteen muutoksia, jotka poikkeavat pienempien nukleotidimuutosten luonteesta. Ne kattavat yleensä yli noin 50 basepairin muutokset, ja voivat vaikuttaa yhdynneiden geenien määrään tai toimintaan sekä koko genomin rakenteeseen. Rakennevariantteja esiintyy sekä periytyvästi että somatiisesti, ja niiden vaikutus vaihtelee: osa on yksilölle oireettomia, osa aiheuttaa kehitys- tai toiminnallisia ongelmia.

Tyypillisiä rakennevariantteja ovat deleetiot (poistumat), duplikaatiot (kopioitumiset), insertioita (lisäykset), inversiot (kääntyneet jaksot) sekä translokaatioita (geneettisten alueiden siirtymät toiseen kromosomiin). Monimutkaiset rearrangementit voivat yhdistää näitä rakennemuutoksia epäjohdonmukaisella tavalla. Rakennevarianttien syntyyn vaikuttavat useat mekanismit, kuten epäonnistunut homologinen uudelleenjärjestäytyminen, epäsuorat DNA-korjaukset sekä replikaatiohäiriöt.

Detektiot ja tietovarannot ovat kehittyneet suuresti. Aikaisemmin käytettiin array-CGH- tai SNP-taulukoita; nykyisin seurannassa korostuvat pitkän luennan sekvensointiratkaisot ja yhdistelmätulokset, jotka mahdollistavat tarkemmat breakpoint-merkinnät. Rakennevariantteja tallennetaan ja jaetaan tietokannoissa kuten DGV, dbVar ja gnomAD-SV. VCF-formaattiä käytetään yleisesti SV-tiedon kuvaamiseen, mikä helpottaa kliinisiä ja tutkimuksellisia tulkintoja. Rakennevariantit ovat keskeisiä sekä kliinisessä genetiikassa että populaatio­genomiikassa, ja niitä tutkitaan erityisesti kehityshäiriöiden, syövän sekä muiden monimuotoisten sairauksien ymmärtämiseksi.