RNAseqanalyyseissä

RNAseqanalyysi viittaa prosessiin, jossa analysoidaan RNA-sekvensointidataa. RNA-sekvensointi, eli RNA-seq, on tekniikka, jolla voidaan mitata geenien ilmentymistasoja ja havaita uusia transkriptejä. Analyysi alkaa tyypillisesti raakadatan laaduntarkistuksella. Tämän jälkeen sekvenssidata kohdistetaan referenssigenomiin tai transkriptomiin. Tavoitteena on määrittää, mistä kohdista genomia kukin luettu sekvenssi on peräisin.

Kun kohdistus on tehty, jokaiselle geenille lasketaan sen ilmentymistaso, usein käyttäen standardoituja mittareita kuten FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) tai TPM (Transcripts Per Million). Tämän jälkeen suoritetaan tyypillisesti differentiaalisen ilmentymisen analyysi. Tässä pyritään tunnistamaan geenit, joiden ilmentymistasot eroavat tilastollisesti merkitsevästi eri näytteiden tai olosuhteiden välillä.

Analyysin tuloksia voidaan edelleen käsitellä monin eri tavoin. Biologisen merkityksen ymmärtämiseksi geenit voidaan ryhmitellä toiminnallisten kategorioiden perusteella, esimerkiksi käyttäen GO-termejä (Gene Ontology) tai KEGG-polkuja. RNA-seq-analyysi on keskeinen työkalu monenlaisessa biologisessa tutkimuksessa, mukaan lukien syövän tutkimus, kehitysbiologia ja lääkekehitys, auttaen ymmärtämään, miten geenit säätelevät solujen toimintaa ja reagointia erilaisiin ärsykkeisiin.