Proteininteraksjoner

Proteininteraksjoner er fysiske kontakter mellom proteiner eller mellom proteiner og andre biomolekyler som påvirker funksjon og aktivitet. Slike interaksjoner er grunnleggende for de fleste cellularprosesser, inkludert signaloverføring, metabolismen, transkripsjon, og strukturering av macromolekylære komplekser. Interaksjoner kan være midlertidige eller stabile, og kan være regulert av cellemiljø, post-translationelle modifikasjoner og isoformvalg.

Klassifisering av proteininteraksjoner omfatter protein-protein-interaksjoner, protein-DNA, protein-RNA og protein-lipid interaksjoner. De fleste protein-protein-interaksjoner er non-kovalente og avhenger av hydrofobe effekter, hydrogenbindinger og elektrostatiske krefter. Noen interaksjoner er covalente, for eksempel disulfidbindinger, og gir stabilitet i komplekser. Interaksjoner kan være homotypiske (millende mellom like proteiner) eller heterotypiske (mellom ulike proteiner), og varierer i stoichiometri og varighet.

Metoder for å kartlegge proteininteraksjoner inkluderer eksperimentelle tilnærminger som yeast two-hybrid, co-immunopresipsjon, pull-down-platser og kryssbindingsmassespektrometri, samt prosessoriske teknikker som proksimitetsetikettering (for eksempel BioID) og avstandsbaserte metoder. Computerbaserte tilnærminger støtter prediksjon og modellering. Viktige databaser for interaksjoner inkluderer BioGRID, STRING og IntAct.

Betydning og bruk: Proteininteraksjoner er sentrale i nettverks- og systembiologi, og forståelsen av interaksjons-vekologier bidrar til å forklare sykdomsmekanismer, identifisere legemiddelmål og muliggjøre syntetisk biologi. Interaksjonskart er ofte kontekstavhengige og krevende å verifisere, med risiko for falske positiver og negatives betraktninger.