coimmunopresipsjon

Koimmunopresipsjon, ofte forkortet ko-IP, er en biokjemisk teknikk som brukes til å undersøke fysiske interaksjoner mellom proteiner i et proteinkompleks. Metoden kan brukes både på endogene proteiner i celle-/vevslips og på proteiner uttrykt via tagging i celler. Hensikten er å avgjøre om et spesifikt protein A binder til et annet protein B eller til flere partnere i et kompleks.

Metodens prinsipp er å bruke en antistoff som er spesifikk for protein A. Antistoffet fester seg til A og blir immobilisert på kjernedelene (for eksempel Protein A/G-anker eller metalliske beads). Når en celle-/væskeoppløsning ble mildt lysisert for å bevare interaksjoner, blir A og eventuelle partnere som binder seg til A med i immunopresipipieringen. Etter vaskfaser som fjerner ikke-spesifikke proteiner, blir de bundne proteinene eluert og analysert, vanligvis med Western blot eller masse­spektrometri for å påvise proteiner som co-precipiter. Varianter inkluderer endogen ko-IP og epitope-tagget ko-IP (for eksempel FLAG-, HA- eller Myc-tagger), samt reciprok ko-IP for å bekrefte interaksjonen.

Viktige vurderinger inkluderer valg av milde versus sterke løsningsmidler som påvirker interaksjoner, behov for kontroller (passende IgG, bead-kontroller), antistoffspesifisitet og proteinets uttrykk/nivå. Begrensninger omfatter mulige indirekte interaksjoner, artefakter fra kryssbinding og at svært svake eller svært transiente interaksjoner kan gå tapt.

Koimmunopresipsjon brukes bredt til å kartlegge proteinnettverk, identifisere interaksjonspartnere og studere signalingprosesser.