Metatranskriptomiikka

Metatranskriptomiikka on tieteenala, joka tutkii kaikkien organismien RNA:ta eli geenien ilmentymistä tietyssä ympäristössä. Se keskittyy erityisesti mikrobiyhteisöihin, kuten suolistomikrobeihin, maaperän mikrobeihin tai meriveden mikrobeihin. Metatranskriptomiikan avulla voidaan selvittää, mitkä geenit ovat aktiivisia ja mitä toimintoja yhteisön mikrobit suorittavat tietyllä hetkellä. Tämä eroaa metagenomiikasta, joka tutkii DNA:ta ja siten kaikkia mahdollisia toimintoja, jotka yhteisön mikrobit voivat suorittaa.

Metatranskriptomiikka tarjoaa syvemmän ymmärryksen mikrobiyhteisöjen dynamiikasta ja niiden vuorovaikutuksesta ympäristönsä kanssa. Se voi paljastaa, miten eri mikrobilajit kommunikoivat, kilpailevat resursseista ja sopeutuvat muuttuviin olosuhteisiin. Analysoimalla RNA-molekyylejä voidaan tunnistaa aktiivisia aineenvaihduntareittejä, stressivasteita ja jopa patogeenisten mikrobien aktiivisuutta.

Menetelmä perustuu yleensä näytteenottoon, RNA:n eristämiseen, sen muuttamiseen DNA:ksi ja sitten sekvensointiin. Saatuja sekvenssejä verrataan tunnettuihin geeneihin ja genomihin, jotta voidaan tunnistaa organismit ja niiden aktiiviset geenit. Metatranskriptomiikka on keskeinen työkalu esimerkiksi ihmisen mikrobiomin tutkimuksessa, elintarvikkeiden laadunvalvonnassa ja ympäristömonitoroinnissa. Sen sovellukset kattavat laajan kirjon biologisia ja ekologisia kysymyksiä.