Fragmentstorlekar

Fragmentstorlekar beskriver längdfördelningen hos DNA- eller RNA-fragment som uppstår vid fragmentering. Begreppet används inom molekylärbiologi och genomik och anges vanligtvis i baspar (bp) eller kilobaser (kb). Storleksfördelningen påverkar hur prover ska behandlas i efterföljande steg såsom bibliotekspreparering och sekvensering.

Fragmentering kan ske mekaniskt (sonicering eller hydrodynamisk klyvning) eller enzymatiskt. Olika metoder ger olika distributionsmönster och kontrolleras via parametrar som kraft, tid eller enzymnivå. Ofta görs en storlekssortering för att få fragment inom ett önskat intervall.

För kortläsande sekvensering är vanliga målstorlekar ungefär 300–700 bp (ibland 200–1000 bp). Långläsningsplattformar som PacBio och Oxford Nanopore drar nytta av mycket längre fragment, ofta i kilobasenivåer. Vid specifika tekniker som ATAC-seq eller ChIP-seq används ofta fragmentstorlekar i området cirka 200–700 bp.

Storlekshastigheter bedöms vanligtvis med capillary-elektrofores eller instrument som Bioanalyzer, TapeStation eller Fragment Analyzer, samt med agarosegelelektrofores. Viktiga mått är medelstorlek, median och spridning (bredd) av distributionen, samt andelen fragment inom målintervallet.

Rätt fragmentstorlekar är viktiga för prestanda i bibliotekskonstruktion, klustring och läsning. Avvikande storlekar kan leda till försämrad kvalitet eller ökad kostnad.