DNAetikettering

DNAetikettering verwijst naar methoden om DNA-moleculen te voorzien van detecteerbare markeringen, zodat ze kunnen worden gevisualiseerd, gedetecteerd of gevolgd in laboratoriumtoepassingen. Er bestaan twee hoofdbenaderingen: directe etikettering, waarbij een label rechtstreeks aan het DNA chemisch wordt bevestigd; en indirecte etikettering, waarbij het DNA tijdens synthese of amplificatie wordt gemarkeerd met behulp van labeld nucleotiden of enzymatische systemen. Labeling kan plaatsvinden bij oligonucleotiden, probes of volledige DNA-fragmenten.

Veel gebruikte labelingstechnieken omvatten directe methoden zoals covalente koppeling van fluoroporen (bijvoorbeeld FITC, Cy3, Cy5) of stikstoflabels aan uiteinden of specifieke nucleotiden. Indirecte methoden omvatten labeling via nick translation, random priming of PCR-labeling, waar getagde nucleotiden (zoals biotine- of digoxigenine-gedoteerde nucteïden) worden ingebouwd. Labeled DNA-probes en -fragmenten worden vervolgens ingezet in diverse toepassingen, zoals Southern blotting, Fluorescerende In situ hybridisatie (FISH), microarray-analyses en sequencing-bibliotheekvoorbereiding. Labeling is ook centraal bij diagnostische assays en kwantitatieve detectie van DNA.

Populaire labels omvatten fluoroporen, biotine en digoxigenine, evenals radioactieve isotopen in oudere of specifieke toepassingen. Elk label heeft voor- en nadelen op het gebied van gevoeligheid, stabiliteit, hybridisatie-eigenschappen en veiligheid. Radiolabeling vereist strikte veiligheids- en regelgevende controles, terwijl fluorolabels doorgaans minder gevaren opleveren maar grotere photostabiliteitsbehoeften hebben. DNAetikettering blijft evolueren met ontwikkelingen zoals click-chemie en multiplexing, gericht op hogere gevoeligheid en meerlaagse detectie.