Aminosäurecodes

Aminosäurecodes sind symbolische Darstellungen von Aminosäuren, die vor allem in Biochemie, Molekularbiologie und Bioinformatik verwendet werden. Es gibt zwei weit verbreitete Systeme: drei Buchstaben pro Aminosäure (z. B. Ala, Arg, Asn) und ein Buchstabe pro Aminosäure (z. B. A, R, N). Die Standard- oder kanonischen Aminosäuren umfassen zwanzig, die in Genetik und Proteinsynthese eine zentrale Rolle spielen. Zusätzlich werden gelegentlich Sonderzeichen genutzt, um Mehrdeutigkeiten oder spezialisierte Aminosäuren abzubilden.

Die zehnzehn häufigsten drei Buchstaben-Codes lauten: Alanin – Ala; Arginin – Arg; Asparagin – Asn; Asparaginsäure – Asp; Cystein – Cys; Glutamat – Glu; Glutamin – Gln; Glycin – Gly; Histidin – His; Isoleucin – Ile; Leucin – Leu; Lysin – Lys; Methionin – Met; Phenylalanin – Phe; Prolin – Pro; Serin – Ser; Threonin – Thr; Tryptophan – Trp; Tyrosin – Tyr; Valin – Val. Die passende Einbuchstaben-Darstellung ist: A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V. In der Praxis kommen auch Sonderformen vor, etwa U für Selenocystein oder O für Pyrrolysyn.

Spezialfälle umfassen Selenocystein (Sec, oft mit dem Buchstaben U dargestellt) und Pyrrolysin (Pyl, oft O). Für Mehrdeutigkeiten werden B (Asp oder Asn), Z (Glu oder Gln) und J (Leu oder Ile) verwendet; X kennzeichnet unbekannte oder nicht bestimmten Aminosäurerest. Stoppsignal-Codons werden in Sequenzen häufig mit einem Sternchen (*) gekennzeichnet.

Verwendung: Aminosäurecodes ermöglichen kompakte Darstellungen von Proteinsequenzen in Datenbanken, Alignments und Analysewerkzeugen. Die Codierungen stammen aus der frühen Proteinchemie und Bioinformatik und sind weltweit standardisiert, um klare Kommunikation und automatische Verarbeitung zu ermöglichen.