yksittäissoluATACsekvensointi

Yksittäissolu ATAC-sekvensointi, lyhennettynä scATAC-seq, on tekniikka, jolla tutkitaan kromatiinin saavutettavuutta yksittäisissä soluissa. Kromatiinin saavutettavuus on keskeinen tekijä geenien ilmentymisen säätelyssä, sillä se määrittää, mitkä DNA-alueet ovat transkriptiotekijöiden ja muiden säätelyproteiinien saatavilla. scATAC-seq auttaa ymmärtämään solujen heterogeenisuutta ja tunnistamaan erilaisia solutyyppejä ja niiden toiminnallisia tiloja perustuen kromatiinin avoimuuteen.

Menetelmä perustuu transposaasin käyttöön, joka leikkaa ja lisää adaptorisekvenssejä avoimiin kromatiinialueisiin DNA:ssa. Nämä fragmentit sitten monistetaan ja sekvensoidaan. Analysoimalla sekvensointidataa voidaan tunnistaa avoimet kromatiinialueet jokaisessa yksittäisessä solussa. Tämä mahdollistaa yksittäisten solujen erilaisten transkriptionaalisten säätelyprofiilien tunnistamisen ja vertailun.

scATAC-seq:tä käytetään laajasti kehitysbiologiassa, syöpätutkimuksessa ja immunologiassa. Sen avulla voidaan esimerkiksi kartoittaa solulinjojen kehityspolkuja, tunnistaa syöpäsolujen alatyypit, jotka voivat johtaa hoitoresistenssiin, tai ymmärtää immuunisolujen toimintaa erilaisissa kudoksissa ja taudeissa. Tekniikan avulla voidaan myös yhdistää kromatiinin saavutettavuustieto geenien ilmentymistietoon (esimerkiksi yhdistämällä scATAC-seq ja yksittäissolu RNA-sekvensointi) syvemmän biologisen ymmärryksen saavuttamiseksi.