målsekvensen

Målsekvensen är en kort aminosyrasekvens i ett protein som fungerar som en adress och anger var proteinet ska lokaliseras i cellen. Beroende på målplatsen kan sekvensen ligga i början av polypeptiden eller vara intern. När proteinet syntetiseras av ribosomen tolkas målsekvensen av cellens sorteringsmaskineri och styr transporten till rätt organell eller exportväg. Ofta är målet att proteinet ska komma till endoplasmatiska retiklet, mitokondrier, kärnan, peroxisomer eller till cellmembranet eller sekretoriska vägarna.

Vanliga typer av målsekvenser inkluderar N-terminala signalpeptider som dirigerar proteiner till det endoplasmatiska retikulets lumen och ofta klyvs av signalpeptidas vid eller efter transport. Mitokondriella targeting-sekvenser sitter vanligtvis i början av proteinet och bildar en amphipatiska alfa-helix som initierar importen. Kärnrelaterade targeting-sekvenser, såsom Nuclear Localization Signals (NLS), hjälper proteiner att passera genom kärnporer. Peroxisomala targeting signals (PTS1 och PTS2) styr transport till peroxisomer. Transporten sker ofta via specifika receptorer och translokatorer, och målsekvensen kan avlägsnas eller bevaras beroende på destination och proteinets funktion.

Inom genteknik och molekylär biologi används termen även för DNA-sekvenser som utgör mål för redigering eller reglering. I CRISPR-Cas-systemet avser målsekvensen den DNA-sträng som guiden binder till, vanligtvis före ett PAM-motiv. Valet av målsekvens påverkar effektivitet, precision och risker för off-target-effekter. Kännedom om målsekvensen är central för biokemi, cellbiologi och bioteknik.