mikrobiomianalyysillä

Mikrobiomianalyysi viittaa tieteelliseen prosessiin, jolla tutkitaan mikrobiyhteisöjä, jotka asuttavat tiettyä ympäristöä. Nämä ympäristöt voivat olla ihmisen keho, kuten suolisto, iho tai suu, tai ympäristönä voi olla esimerkiksi maaperä, vesi tai ruoka. Analyysin päätavoitteena on tunnistaa ja kvantifioida eri mikro-organismit, kuten bakteerit, sienet, virukset ja arkeonit, jotka muodostavat kyseisen mikrobiyhteisön.

Tekniikat, joita käytetään mikrobiomianalyysissä, ovat kehittyneet merkittävästi uusimpien geneettisten ja bioinformatiivisten menetelmien myötä. Erityisesti seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on mullistanut alan, mahdollistaen suuren määrän geneettistä materiaalia samanaikaisesta analysoinnista. Tyypillisesti analyysi aloitetaan näytteen keräämisellä, joka voi olla esimerkiksi ulostenäyte ihmisen suoliston mikrobiomin tutkimiseksi. Tämän jälkeen eristetään näytteestä mikrobien geneettinen materiaali, useimmiten DNA.

DNA:sta sekvensoidaan spesifisiä markkerialueita, kuten 16S rRNA -geeni bakteereille ja arkeoneille tai ITS-alue sienille. Saatuja sekvenssidataa verrataan laajoihin tietokantoihin mikrobien tunnistamiseksi ja luokittelemiseksi. Lisäksi analyysi voi sisältää metagenomiikkaa, jossa tutkitaan kaikkia näytteessä olevia geenejä, antaen tietoa mikrobiyhteisön toiminnallisesta potentiaalista, eli mitä aineenvaihduntareittejä ja toimintoja mikrobit voivat suorittaa. Mikrobiomianalyysillä on sovelluksia monilla aloilla, kuten lääketieteessä, terveydenhuollossa, maataloudessa ja ympäristötieteessä.