filogeneze

Filogeneze (též filogenese) je vědecké zkoumání evoluční historie a vztahů mezi jednotlivými organismy, skupinami či jejich geny. Cílem je rekonstruovat společný původ a divergenci, často vyjadřovanou ve fylogenetickém stromu, který znázorňuje větvení linií a časovou posloupnost evoluce.

Filogeneze se liší od ontogeneze; data z morfologie, genetiky, paleontologie a dalších zdrojů slouží k popisu a vysvětlení vztahů mezi skupinami. Základními pojmy jsou monofyletická skupina, parafyletická a polyfyletická seskupení, a homologie.

Metody: Filogenetické inference využívá data z morfologie, molekulárních sekvencí (DNA, RNA, proteiny) a fosilních záznamů. Hlavní postupy zahrnují metody založené na vzdálenostech, maximum parsimony, maximum likelihood a bayesovskou inferenci. Pro odhad časů divergence se používají molekulární hodiny a kalibrace na základě fosilií. Data lze kombinovat v totálních důkazech (totální důkazy) nebo v různých gene-tree přístupech; výsledky často vyjadřují jistotu pomocí bootstrapu či posterior probability.

Historie a pojmy: Koncepce společného původu byla klíčová pro Darwinovu teorii; moderní filogenetika se výrazně rozvinula v 20. století díky cladistice Williho Hennigova, která kladla důraz na monofyletické skupiny a společný původ.

Aplikace a omezení: Filogeneze je zásadní pro taxonomii, klasifikaci, biogeografii, studium vývoje znaků a evoluční biomedicínu. Mezi omezení patří neúplný fosilní záznam, konvergence znaků, horizontální přenos genů u prokaryot a modelové nejistoty v odhadech stromů.