bakgrunnsopregulering

Bakgrunnsopregulering refererer til regulering av genuttrykk som setter et grunnleggende, konstant nivå av transkripsjon i en celle, ofte omtalt som basal- eller konstitutiv regulering. Dette nivået utgjør en bakgrunnsstemning for cellens tilstand og påvirker hvor sterkt et gen responderer når cellen mottar signaler. Mekanismer som bidrar til bakgrunnsopregulering inkluderer promoterers og enhancers struktur, konstituerende transkripsjonsfaktorer, epigenetiske mekanismer (som histonmodifisering og DNA-metylering), samt kromatinens tilgjengelighet og 3D-kromatininteraksjoner. Stabilitet og halveringstid for mRNA samt aktivitet av ikke-kodende RNAs kan også forme det grunnleggende uttrykksnivået.

Skillet mellom bakgrunnsopregulering og stimuliindusert opregulering betegner forskjellen mellom et konstant uttrykksnivå og økninger i uttrykk som følge av ytre signaler som vekstfaktorer eller stress. Imidlertid kan bakgrunnsopregulering påvirke hvor raskt eller i hvilken grad et gen reagerer på stimuli, ved å sette et golv eller tak for transkripsjon.

Måling og analyse av bakgrunnsopregulering skjer ofte gjennom genomikk- og transcriptomstudier som RNA-seq, ChIP-seq eller ATAC-seq, samt eksperimenter med reporter-gener og genetisk perturbasjon. Resultatene bidrar til å forklare forskjeller i uttrykk mellom celletyper, utviklingsstadier og sykdomstilstander, og de er viktige for å forstå regulatoriske nettverk og grunnleggende cellebiologi.

Se også: basal transkripsjon, constitutivt genuttrykk, opregulering.