atomityyppi

Atomityyppi (atom type) on käsite, jota käytetään kemiassa ja molekyylien mallinnuksessa kuvaamaan atomia tietyn koostetun identiteetin ja ympäristön perusteella. Se ei yleensä viittaa pelkästään alkuaineeseen vaan myös atomin sitoutumistapaan, hybridaatioon ja ympäröiviin sidoksiin. Saman alkuaineen eri ympäristöissä voi esiintyä useita atomityyppejä.

Atomityypin määrittely sisältää usein elementtietojen lisäksi tiedon siitä, millainen ympäristö atomilla on: millä tavoin se on sidoksissa muihin atomeihin, onko se esitetty karbonyylinä, aromattisena renkaana, yksittäisenä alifatisena hiileen kuuluvana tai osana useammasta sidosparista. Käytännössä atomityypit voivat kuvata esimerkiksi sp3-hiilen, sp2-hiilen, aromaattisen hiilen, vetyatomien ja typpeatomien erilaisia ympäristöjä. Tällaiset luokitukset vaikuttavat laskennallisesti sidosparametreihin, kulmiin ja epäfondaarisiin vuorovaikutuksiin.

Atomityyppejä käytetään erityisesti molekyylin mekaniikan ja energian laskennassa sekä parametrien siirrettävyydessä eri molekyylien välillä. Esimerkkejä ovat force-field-tyypit, joissa kutakin atomia käsitellään sen mukaisilla sidos-, pitös- ja van der Waals -parametreillä. Atomityypit voivat auttaa myös automaattisessa atomien luokittelussa sekä isotooppisen tiedon, massan tai elektronisen ympäristön huomioimisessa simulaatioissa. On kuitenkin tärkeää muistaa, että atomityyppi on malli- tai luokittelukäsite, ei suora perustavanlaatuinen ominaisuus.