aminohapposekvenssien

Aminoihapposekvenssien tarkoittaa aminohappojen lineaarista järjestystä polypeptidiketjussa. Sekvenssi määrittää proteiinin primaarisen rakenteen sekä vaikuttaa siitä seuraavaan laskostumiseen, stabiliteettiin ja toimintaan. Yleensä sekvenssi kirjoitetaan N-terminuksesta C-terminukseen.

Sekvenssien esitykseen käytetään kahta yleistä koodia: yhden kirjainkoodia (esim. A, R, N, D, C) sekä kolmen kirjainkoodia (Ala, Arg, Asn, Asp, Cys). Proteiinin geneettinen koodi koodaa aminohapot DNA:n tai RNA:n translaation avulla, jolloin jokainen kodoni vastaa tiettyä aminohappoa. Tämä geneettinen informaatiokerros vääntyy proteiiniksi ribosomeilla ja liittymisellä peptidisidoksiin.

Sekvenssien tutkimuksessa on sekä geneettinen että proteiininen näkökulma. Geneettisesti sekvenssi voidaan määrittää DNA- tai RNA-sekvenssin avulla; proteiinin näkökulmasta aminohapposekvenssi voidaan määrittää esimerkiksi Edmanin degradaation tai massaspektrometriaan (MS/MS) perustuvalla peptidisekvensoinnilla. Massaspektrometria on nykyään yksi keskeisimmistä menetelmistä suurienneproteiinien sekvensoinnissa, kun taas Edmanin degradaatio soveltuu pienemmille peptideille.

Aminoihapposekvenssit ovat keskeisiä proteiinien funktiolle ja rakenteelle: pienet sekvenssimuutokset voivat muuttaa toimintaa, vakauden tai yhteensopivuuden muiden molekyylien kanssa. Sekvenssit mahdollistavat evoluution seuraamisen, rakenteen ja toiminnan ennustamisen sekä proteiinien suunnittelun ja muokkaamisen bioteknologiassa.