Viitegeenien

Viitegeenien tarkoituksena on toimia sisäisenä kontrollina geneettisen ilmentymän mittauksissa ja normalisoinnissa. Niiden oletetaan ilmentyvän vakaana tasolla erilaisten näytteiden ja olosuhteiden yli, jolloin ne kompensoivat näytteen RNA:n määrän sekä teknisiä vaihteluita mittauksissa.

Viitegeenien valinta ja validointi on kriittistä. Tärkeitä kriteerejä ovat ilmentymän stabiilius eri näytteissä, riippumattomuus hoidoista tai sairauksista sekä kyky hallita teknisiä vaihteluita. Usein suositellaan vähintään kahta viitegeenia, mielellään kolme, jotta normalisointi on luotettavampaa. Stabiilisuutta arvioidaan sovelluksissa geNormin, NormFinderin ja BestKeeperin kaltaisilla ohjelmistoilla.

Esimerkkejä yleisesti käytetyistä viitegeeneistä ovat ACTB (beta-aktiini), GAPDH, 18S rRNA, HPRT1, B2M ja TBP. On kuitenkin tärkeää testata kunkin viitegeenin vakaus omissa näytteissä, sillä yhden geenin vakavuus ei välttämättä päde kaikkiin kudoksiin tai tiloihin. Lisäksi jotkin perinteiset viitegeenit voivat muuttua sairauksien tai hoitojen vaikutuksesta.

Sovellukset: viitegeenien avulla voidaan suhteellisesti arvioida geenin ilmentymää käyttämällä ΔCt- tai ΔΔCt -menetelmiä. Tämä parantaa tulosten vertailukelpoisuutta näytteiden välillä kvantitatiivisessa PCR:ssä. RNA-seq-analyyseissä käytetään muita normalisointitapoja, mutta viitegeenien periaatetta voidaan pitää ohjenuorana tilanteissa, joissa yksittäisten viitegeenien vakaus on varmennettu.