RNAsekvensseissä

RNAsekvensseissä viittaa menetelmiin, joilla tutkitaan ja analysoidaan uudenlaisesti RNA-transkriptioita kokonaistoimituksin. RNA-seq on korkean läpäisyasteen sekvensointitekniikka, jolla mitataan solun transkriptioita samanaikaisesti kaikista geeneistä ja mahdollistetaan sekä ilmentymän määritys että uusien transkriptioiden ja vaihtoehtoisten muotojen löytäminen.

Prosessi alkaa RNA:n eristämisestä, usein rRNA:n poiston tai depuratoimien avulla. Tämän jälkeen RNA muunnetaan cDNA:ksi, jonka päälle rakennetaan kirjastoja, ja ne sekvensoidaan käyttäen eri alustojen, kuten lyhyitä luettavia (esim. Illumina) tai pitkiä luettavia (esim. PacBio, Oxford Nanopore) tekniikoita. Lyhyet luetut tarjoavat suurta määrää tarkkuutta ja alhaisia kustannuksia, kun taas pitkät luetut mahdollistavat täysikokoisten transkriptioiden suoran havaitsemisen.

Sovelluksia ovat geneettisen ilmentymän profiloiminen, differensiaalinen ilmentymä eri tiloissa tai käsittelyissä, vaihtoehtoisen splicingin kartoitus sekä uusien transkriptioiden ja isoformien löytö. Datan analysointi kattaa laadunvalvonnan, lajittelun ja kartoituksen reference-genomiin tai -transkriptomiin sekä kvantifioinnin ja tilastollisen vertailun. Kirjastot ja tulokset julkaistaan tyypillisesti FASTQ-, BAM- ja GTF/GFF- sekä ilmentymäarviointitiedostoina.

Haasteita ovat muun muassa kirjasto- ja alustan aiheuttamat vinoumat, rRNA-depletio ja sekvensointivirheet, sekä biologisten replikointien huolellinen suunnittelu ja normalisointi.