Proteomiske

Proteomikk, også kjent som proteomisk forskning, er studiet av proteomet, det komplette settet av proteiner som uttrykkes i en celle, vev eller organisme under bestemte forhold. Det omfatter identitet, kvantitet, post-translationelle modifikasjoner og protein-protein-interaksjoner, med mål om en helhetlig forståelse av proteinnettverk og funksjoner i biologiske systemer.

Den dominerende arbeidsmåten er massespektrometribasert proteomikk, ofte kombinert med væskekromatografi for separasjon. Discovery-proteomikk kartlegger mange proteiner samtidig, mens targeted proteomikk kvantifiserer utvalgte proteiner nøye. Andre metoder inkluderer antistoffbaserte tilnærminger og protein-avbildningsteknikker.

Kvantisering skjer med label-free metoder eller isotopisk merkelegging som SILAC, iTRAQ eller TMT. Data genereres som identifiserte peptider som tilordnes proteiner, med kvantitativ informasjon om proteinnivåer og post-translationelle modifikasjoner.

Proteomikk brukes i biomarkørfunn, klinisk proteomikk, systembiologi og legemiddelutvikling for å forstå sykdomsforløp, behandlingseffekter og cellulære nettverk.

Utfordringer inkluderer bred dynamisk rekkevidde, prøvemess og kompleksitet, samt behov for standardisering og reproducibilitet. Datakvalitet og åpne datasett er sentrale temaer, og det legges vekt på felles referanser og rapporteringsstandarder.

Data deles gjennom ProteomeXchange og PRIDE; proteiner registreres i UniProt. MIAPE gir minimumsinformasjon om proteomikkeksperimenter.

Typisk arbeidsflyt: prøvetaking, proteinuttrekking, fordøyelse med trypsin, LC-MS/MS og dataanalyse med programvare som Mascot, Sequest eller MaxQuant.