GCsisältöä

GC-sisältö (GC-content) on biologian käsite, joka kuvaa DNA:n tai RNA:n emästen G ja C osuuden prosenttiosuutena. Se lasketaan yleensä jakamalla G- ja C-emästen määrä koko sekvenssissä (G + C) summalla kaikista emäksistä ja kertomalla sadalla. RNA-sekvensseissä T korvataan U:llä. GC-sisältö on ominaisuus, joka voi vaihdella merkittävästi genomin, alueen ja lajin mukaan.

G-C emäksillä on kolme vetysidettä, mikä tekee niiden parista vakaamman kuin A-T (tai A-U). Tästä johtuen korkea GC-sisältö nostaa DNA:n lämpötilan siirtymiä ja stabiliteettia, vaikuttaa PCR- ja sekvensointiprosessien kohdin sekä tulkintaan. GC-sisällön vaihtelu liittyy genomisen koostumuksen hajontaan; erilaiset eliöt ja alueet voivat olla GC-rikkaita tai GC-poikkeuksia. Esimerkiksi ihmisgenomissa yleinen GC-sisältö on noin 40–50 %, mutta alueittain esiintyy sekä GC-rikkaita että GC-köyhiä alueita.

Käytännössä GC-sisältöä käytetään primerisuunnittelussa, genomin annotoinnissa sekä evoluution ja codon usage -analyyseissä. Se on myös tärkeä huomio genomitutkimuksessa ja metagenomiikassa. GC-content lasketaan suoraan sekvenssidatasta, ja sen huomioiminen auttaa arvioimaan sekä korjaamaan mahdollisia sekvensio- ja analyysivirheitä.