Fenotüübisel

Fenotüübisel ehk fenotüübi määramisel on bioloogias protsess, mille käigus kirjeldatakse ja mõõdetakse organisme fenotüübi omadusi. Fenotüüp tekib genotüübist ning keskkonna mõjust tulenevast interaktsioonist ning peegeldab nii pärilikke kui ka keskkonnaga seotud omadusi.

Fenotüübimine hõlmab morfoloogilisi, füsioloogilisi, biokeemilisi ja käitumuslikke omadusi ning võib olla nii visuaalne kui ka mõõtmeline. See tähtsus kasvab koos organisatsioonide aruandluse ja valiku vajadusega ning on oluline nii uurimistöös kui rakendustes.

Meetodid jagunevad traditsiooniliseks fenotüpiseerimiseks ja kõrgtehnoloogiliseks fenotüpiseerimiseks. Traditsiooniline fenotüüpimine põhineb hoolikal vaatlusel ja standardiseeritud mõõtmisel, näiteks suurus, kuju ja viljakus. Kõrgtehnoloogilised lähenemised hõlmavad automaatset pildistamist, sensorite mõõtmist, spektraalset analüüsi ja 3D-skaneerimist ning võimaldavad suurandmete kogumist suurel skaalal (high-throughput fenotüpimine).

Fenotüübi andmed koordineeritakse ja dokumenteeritakse tavaliselt standardiseeritud protokollide ning ontoloogiate abil, mis võimaldavad eri uuringutes võrreldavust. Fenotüübi andmeid töödeldakse ning neid integreeritakse mõnikord genoomika andmetega (pheno-genoomika), et mõista geeni toimemehhanisme, seotud omadusi ja kohanemisvõimet.

Rakendused hõlmavad põllumajandust, kus fenotüübi teave aitab sortide aretust ja optimeerimist; loomakasvatust; ning meditsiini, ökoloogia ja epidemioloogia, kus fenotüübi andmeid kasutatakse haiguste riskide hindamiseks ning patsiendi rahuldamise ja personiseerimise arendamiseks.

Väljakutsed hõlmavad keskkonnamõju eristamist, mõõtmete standardiseerimist ja suurandmete haldamist. Tulevikus on fenotüübimise arendamisel keskne osa ökosüsteemide ja kliimamuutuste mõjude parema mõistmise ning bioloogilise teaduse edendamisel.