FISHmenetelmät

FISH-menettelyt, eli Fluorescence in situ Hybridization -menetelmät, ovat molekyylidiagnostiikan tekniikoita, joilla voidaan paikantaa ja kartoittaa tiettyjä DNA- tai RNA-sekvenssejä soluissa, kudoksissa tai kromosomeilla. Tekniikka hyödyntää fluoresenssillä merkittyjä DNA- tai RNA-probeja, jotka sitoutuvat kohdesekvensseihin ja muodostavat mikroskoopin näytölle havaittavan signaalin.

Perusperiaate on, että kohde-DNA:tä tai -RNA:ta vasten käytetään fluoresenssillä merkittyjä probeja. Näyte kiinnitetään, solu- ja kudosrakenteet käsitellään permeabilisaation avulla, kohdesekvenssit denaturoidaan ja probeet voidaan sitoutua. Hybridaatio tapahtuu probeilla, ja lopuksi pesujen jälkeen signaalit havaitaan fluoresenssimikroskoopilla. Eri muodoissa voidaan käyttää DNA- tai RNA-probeja sekä interphase- että kromosomitasoiseen analyysiin.

Tyypillisiä sovelluksia ovat kliininen cytogenetiikka ja syöpädiagnostiikka sekä prenatal diagnostika, kun halutaan havaita kromosomimuutoksia, translokaatioita tai geneettisiä ilmiöitä. RNA-FISH-variantteja käytetään solun sisäisen RNA:n paikantamiseen, kun taas DNA-FISHin avulla voidaan kartoittaa kromosomimuutoksia.

Variantteihin kuuluvat muun muassa M-FISH ja SKY-kromosomien monivärikuvaus, PNA-FISH, smFISH (single-molecule FISH), Q-FISH telomeerien pituuden kvantifiointiin sekä fiber-FISH pitkien DNA-juosteiden kartoitukseen.

Rajoitteet: FISH vaatii erikoislaitteita ja osaavaa tulkintaa; probejen suunnittelu ja laadunvalvonta ovat tärkeitä, ja virheet voivat johtua ristiinhybridisaatiosta tai heikosta signaalista. Prosessi on aikaa vievä, mutta se on vakiintunut työkalu kromosomimuutosten ja geneettisten ilmiöiden tutkimuksessa.