Edmansekvensanalys

Edmansekvensanalys är en kemisk metod för att bestämma aminosyrasekvensen i ett peptid- eller proteinfragment genom att successivt avlägsna N-terminala aminosyran och identifiera varje avlägsnad aminosyra i tur och ordning. Metoden utvecklades av Pehr Edman i mitten av 1900-talet och har länge varit en grundteknik inom proteinkemi. Reagenset fenylisotiocyanat (PITC) reagerar med den fria N-terminala aminosyran under mildt basiska förhållanden och bildar ett derivat som senare omvandlas till en form som kan separeras och identifieras som en specifik aminosyra (oftast som dess fenylthiohydantoin, PTH-derivat).

Principen i praktiken bygger på cykler. I varje cykel bildas ett PTH-derivat av den aktuella N-terminala aminosyran och avlägsnas sedan som en fria aminosyra genom sur hydrolys och samtidig exponering av den följande N-terminala positionen i peptiden. Den avlägsnade PTH-aminosyran identifieras vanligtvis med kromatografiska metoder som högprestandahydroxyproteinkromatografi (HPLC). Genom upprepade cykler erhålls sekvensen från N-terminus mot C-terminus. Vanliga cykler ger hög som ca 97–99 procent effektivitet per residu, vilket gör metoden praktisk för korta till medellånga peptider.

Begränsningar och användning. Metoden kräver en fri N-terminal aminosyra och kan blockeras av modifieringar som pyroglutamatbildning eller andra N-terminala hinder. Posttranslationella modificationer, disulfidbryggor och mycket långa eller oorganiserade proteiner gör analysen svår eller omöjlig. Metoden kräver relativt stora mängder ren peptid och arbete och upprepning i flera cykler. Idag används Edmansekvensanalys i huvudsak för N-terminala sekvenser i peptider eller för bekräftelse av N-terminala ändar, ofta i kombination med masspektrometribaserad sekvensering som ersätter eller kompletterar den traditionella metoden.